Jurusan IPA fokus utamanya mempelajari mengenai ilmu alam. Meliputi ilmu fisika, yang mempelajari gejala dan sifat benda benda di alam, misalnya gelombang, energi, muatan, daya dan sebagainya. Ilmu biologi, mempelajari tentang makhluk hidup dan ilmu kimia, mempelajari tentang materi seperti susunan, komposisi, struktur, sifat sifat dan perubahan materi.
Di MAN 2 Kota Kediri Kelas X IPA sebanyak 6 rombel, kelas XI IPA 6 rombel dan XII IPA 6 rombel
Adapun struktur Kelas IPA adalah sebgai berikut :
